Se considerássemos o hálito desagradável ao acordar, praticamente 100% da população seria portadora de halitose. Por isso, o hálito da manhã é considerado fisiológico. Ele acontece devido à leve hipoglicernia, à redução do fluxo salivar para virtualmente zero durante o sono e ao aumento da flora bacteriana anaeróbia proteolítica. Quando esses microrganismos atuam sobre restos epiteliais descamados da mucosa bucal e sobre proteínas da própria saliva, geram componentes de cheiro desagradável (metilmercaptana, dimetilsulfeto e principalmente sulfidreto, que tem cheiro de ovo podre).